La Esclavitud de San José tiene su sede Canónica en la Iglesia Mayor Parroquial de San Pedro y San Pablo y de los Desagravios, primer templo de la ciudad, de estilo tardobarroco y neoclásico en su fachada, que comienza a construirse a raíz de un Real Decreto con fecha de 27 de Mayo de 1.757, antes de que la Villa de la Real Isla de León se independizase política y religiosamente del Cádiz dieciochesco. Ese año, sobre planos de Alejandro Perdía, comienzan las obras, terminándolas un ingeniero francés. Las obras fueron sufragadas con un arbitrio consistente en dos cuartillos de sisa en la arroba de vino y cuatro en cada cuartillo de aguardiente y mistelas. En 1.760 ya estaba casi lista, siendo ésta la fecha que figura en su fachada. El 17 de Marzo de 1.764 sería bendecida por el Obispo de Cádiz y Ceuta Fray Tomás del Valle, bajo el título de "San Pedro, San Pedro y de los Desagravios", si bien es cierto que iba a titularse "del Patriarca San José"(de hecho la primera piedra se colocó el día de su festividad), Santo al que la Isla tenía especial devoción, aunque se desechó la idea puesto que se consideró un intento de hacerle Patrón y sustraerse así del Patronazgo de Servando y Germán, que lo eran de Cádiz, y por tanto de la Isla en tanto que aún pertenecía política y religiosamente a esta ciudad, pese a sus intentos independentistas.

El altar mayor original, con carácter de temporalidad, fue enviado a la desaparecida Capilla de la Salud en el antiguo barrio de las Chozas, al inaugurarse en 1.807 uno nuevo, compuesto por un tabernáculo de orden corintio en cuyas esquinas estaban los Doctores de la Iglesia (San Agustín, Santo Tomás de Aquino, San Buenaventura y San Alberto Magno). Tras el altar un retablo con órgano acompañado de balcones y hornacinas diseñado por D. Gaspar de Molina, Marqués de Ureña. Poco a poco se incorporaron a él las Imágenes de Servando, Germán, un San Pedro sedente y una Inmaculada. Dos Ángeles Lampareros a ambos lados completaban el conjunto, encerrado con una verja de hierro, propia de la industria de la forja de hierro de la Isla, que tantos airosos cierros dio a los balcones de la ciudad, de los que hoy pocos quedan. Cuatro altares en cada nave lateral, además de otros de menor tamaño junto a las columnas, componían el Templo. La Capilla bautismal se sitúa a la derecha de la entrada principal, y el Sagrario a la derecha del altar mayor, mientras que a su izquierda se halla lo que hoy se conoce como "sala del duelo", compuesta de varios altares, hoy desaparecidos y donde hoy solo se conserva un relieve devotísimo de las Ánimas del Purgatorio, y desde 2004 un óleo decimonónico de "La Muerte de San José", donado a la parroquia por un feligrés.

Actualmente los altares de las naves laterales son cinco, al haberse ocupado como tal las puertas laterales por la Archicofradía de Jesús de Medinaceli que data de 1.945 (aunque en 2004 se ha fusionado con la Esclavitud del Santísimo tomando la antigüedad de 1733), cada una para un titular, que quedan así frente a frente. La Capilla bautismal hoy en día no ejerce como tal y en ella se encuentra la Imagen, de los talleres de Olot, de Jesús Resucitado, titular del Consejo Local de Hermandades y Cofradías y Patrón de los Cargadores de San Fernando, que procesionaba el Domingo de Resurrección, hasta que en 2004 se funda la Hermandad de la Resurrección en la Iglesia de San José Artesano que estrena en 2006 una nueva imagen titular. En 1.959 se reformó la Iglesia, desapareciendo el altar mayor, la verja, los ángeles lampareros y el púlpito de mármol blanco, así como las Capillas de las columnas del Templo. El actual altar mayor posee un crucificado muy antiguo y a sus pies (a partir del año 2001) ttuvo una pequeña Imagen de la Virgen, que según parece podría tratarse de la antigua Virgen de la Esperanza cuya Hermandad, hoy extinguida, radicaba en la Iglesia Mayor. Le escoltan San Pedro (no la Imagen sedente, que ahora está en la Sacristía) y San Pablo.

El 31 de Mayo de 1.917 se conformó la Capilla del Sagrario tal y como está hoy, de estilo neogótico, y presidida, además de por el Santísimo, por el Sagrado Corazón de Jesús, titular del Apostolado de la Oración, que es heredera de la antigua Congregación del Sagrado Corazón de Jesús.

El Patrón de San Fernando, San José, Titular de la Esclavitud de su mismo nombre, se sitúa en el segundo altar de la nave de la Epístola, el cual ocupó en los años treinta del Siglo XIX, pues antes estuvo en otro lugar de la Iglesia. En 1.899 sería construido el altar tal como lo conocemos hoy (puesto que anteriormente era solo una hoquedad en la pared) y en 1.950 se le añadió el lema que lo corona " Pro salutem enin vestra misit me Deus" (Dios también me envió para vuestra salvación). En 1954 sería restaurado por el esculto local D. Antonio Bey Olvera. Junto a San José, las imágenes de San Servando y San Germán, que antaño estuvieron en el altar mayor, y que algunos las atribuyen muy erróneamente a Luisa Roldan " La Roldana". En una pequeña hornacina a los pies de San José, una imagen de poco valor de la Virgen del Pilar, que tuvo y tiene una gran devoción entre los parroquianos. Y junto a Ella se añadió en 2003 una imagen de San Judas Tadeo. Un relieve del Padre Eterno se sitúa en lo alto del retablo josefino. En la misma nave (la de la Epístola), el primer altar está destinado a la Virgen del Rosario, titular de la extinguida Archicofradía de su nombre, la más antigua de la ciudad. El tercero corresponde a los titulares de la Hermandad de la Soledad, luego, en el hueco de la puerta lateral, estaría el altar de la Dolorosa Trinitaria, de la Cofradía de Jesús de Medinaceli, y a continuación Jesús Nazareno, titular de la Hermandad del mismo nombre.

En la nave del Sagrario, encontramos al Arcángel San Miguel, titular de la Esclavitud del Santísimo (desde 2004 fusuionada con la Cofradía Penitencial de Medinaceli), seguido de la Dolorosa de la Orden Servita, y a continuación una Inmaculada que pertenece a Medinaceli. A continuación Jesús de Medinaceli, ocupando la puerta lateral, y por último el altar de Jesús Atado a la Columna y Mª Santísima de las Lágrimas, que procesionan el Domingo de Ramos. Dos añadidos más tienen ambas naves. En la verja lateral de la Capilla bautismal, y junto a Jesús Nazareno, se ha ubicado a su madre de los Dolores, cotitular de la Hermandad y en frente, dando réplica a este altar, el del Cristo de la Buena Muerte de los Servitas.

En el año 2002 la Iglesia fue sometida a una profunda labor de resanado, pintándose y adecentándose todo el interior. Ello provocó el cierre del Templo entre los meses de septiembre y octubre y todas las Hermandades buscaron una sede alternativa. La Esclavitud de San José (por entonces aún Asociación Josefina) encontró en la Hdad. de los Desamparados la solidaridad requerida para que el Santo Patrón pudiese ocupar un altar en la Capilla del antiguo hospital de San José, en un gesto de hermandad entre dos corporaciones que están muy unidas. Años antes en la década de los ochenta la parroquia sufrió una obra similar y en 1993 se acometió el arreglo de su cúpula. La Iglesia Mayor ha sido testigo muda de la historia de la Ciudad de San Fernando, siendo un muy destacable escenario en los siguientes acontecimientos:

1) En 1.800, la ciudad sufrió el embiste de "fiebres malignas y vómitos prietos", que azotó a la población. El Ayuntamiento rogó a San José que la frenara, y así sucedió. Como agradecimiento, el Ayuntamiento juró realizar una Función cada 26 de Noviembre (festividad de los Desposorios de San José y la Virgen), que es el origen de la Función del Voto que aún se celebra en Noviembre, así como asistir a la Función del 19 de Marzo (día de San José), algo que aún continua. En 1.801 se colocó una lápida junto al altar de San José que recoge el juramento y se mandó pintar el llamado "Cuadro del Voto a San José" de Reiddmayer, que está aún en el Ayuntamiento, en el salón de plenos, existiendo una réplica en el archivo de la Iglesia Mayor. Todo culminaría con el nombramiento el 09 de Febrero de 1.802 de San José como Patrón de la Villa.

2) En 1.810 se celebraron en la Parroquia los actos religiosos con motivo de constituirse en la Isla de León las Cortes Generales del Reino el 24 de Septiembre de dicho año, y que darían como resultado la Constitución de 1.812. Ante éstos heroicos actos de la Villa, en 1813 Fernando VII le otorgaría el título de "Ciudad",  denominándola "San Fernando". Una réplica del cuadro del pintor Casado de Alisal, que recoge el juramento de los diputados en la Iglesia Mayor en 1.810, se halla en dicho templo como muestra histórica del acto. El original se halla en el Congreso de los Diputados de Madrid.